1、培养目标与模式
会计学硕士与会计专业硕士，这两种学位类型在培养目标、招生办法、教育内容等方面均有所不同。前者更侧重于培养具备科研能力的人才，后者则致力于培养系统掌握现代会计理论与实务，并具备会计工作领导能力的高素质会计人才。在培养模式上，会计学硕士主要以理论教学为主，学制通常为三年；而会计专业硕士则采用案例式教学、研讨式教学等多样化教学方法，强调团队合作和职业化素质的培养，学制通常为两年。此外，两者的招生方式、课程设置以及考试科目也存在显著差异。
2、职业发展方向
此外，在职业发展方面，这两种学位也有着不同的路径。“会计学硕士”毕业生多在学术或研究机构发展，凭借其深厚的学术背景和理论素养贡献自己的价值。而“会计硕士”毕业生则通常在企业和金融机构中，凭借其出色的实务操作能力和问题解决技巧为这些机构的发展助力。
3、获得的证书不同
会计学硕士毕业后可获得由院校授予的结业证书，符合申硕条件的学员还可获得硕士学位证书。硕士学位证书能提升学位，但不能提升学历。而会计硕士毕业后，学员可获得院校授予的研究生学历证书和硕士学位证书，获得证书既能提升学历又可以提升学位。
4、课程设置不同
会计学硕士更多偏重于基础教育、素质教育和专业教育，偏重理论知识的掌握和学习，如财务理论、会计理论、审计理论、国际会计等会计相关知识。
会计硕士更多偏重于实务，学习的目的是为了解决实际工作中的问题。
5、职业发展前景
选择会计学硕士的同学，通常会有机会进入高等院校、研究机构或从事学术研究。而会计专业硕士的毕业生则更容易进入企业、财务咨询公司等实际工作岗位，直接参与企业的财务管理与决策。